In der Diskussion um Industrial Ethernet wird gelegentlich die Sorge geäußert, dass Ethernetbasierte Automationsnetzwerke die Sicherheit vor Angriffen nicht in ausreichendem Maß gewährleisten. Weil Industrial Ethernet den Vorteil durchgängiger Kommunikationsstrukturen von der Leit- bis zur Feldebene bietet, sei es, so lautet der Einwand, Angreifern auch prinzipiell möglich, über das Internet Manipulationen auf der Automationsebene durchzuführen. Diese Sorge ist bei Powerlink unbegründet.

Eine Stärke des Kommunikationssystems liegt in seiner Fähigkeit, Standard-Ethernet einzubinden, ohne dabei den hohen Sicherheitsstandard zu verletzen: Powerlink-Echtzeitdomänen werden durch Gateways, die typischerweise direkt in die Steuerungen integriert sind, strikt von Nicht-Echtzeitdomänen getrennt. Jede Maschine oder Anlage, auf der Powerlink läuft, bildet eine eigene Netzwerkdomäne, die nach außen nur über eine IP-Adresse repräsentiert wird.