Die Hardware kann mit einer eigenen Firmware programmiert werden, die über den CAN-Bus hochgeladen wird. Das mitgelieferte Entwicklungspaket enthält verschiedene C/C++ Programmierbeispiele für die Verwendung der zahlreichen Möglichkeiten des PCAN-Router Pro FD und seiner neuen Ethernet-Schnittstelle.

Im Auslieferungszustand ist der PCAN-Router Pro FD mit einer einsatzbereiten Firmware zur Aufzeichnung von CAN 2.0- und CAN-FD-Datenverkehr ausgestattet. Die Konfiguration der CAN-Kanäle, der IP-Verbindung und aller Aufzeichnungs-Einstellungen erfolgt über eine Textdatei und erfordert keinerlei Programmierkenntnisse. Die Konfiguration sowie die Trace-Dateien werden auf dem internen 16 GByte großen eMMC-Speicher oder auf einer eingesteckten SD-Karte gespeichert.